生物膜上的微生物固著在載體材料上，而在活性污泥法是懸浮生長的微生物。生物膜能夠承受強烈的曝氣攪拌沖擊，因此生物膜法有利于微生物的生長、繁殖，而且微生物生長泥齡比活性污泥要長，在生物膜上能夠存活世代時間較長的微生物，如增殖速度很小的微生物，如硝化菌和亞硝酸菌等，對廢水處理的效率提高十分有利。

　　生物膜和活性污泥上出現的微生物類型、種屬和數量上有所不同。生物膜上的微生物比活性污泥不僅種類多樣化，數量上也多得多。生物膜上生長繁殖的微生物中，動物性營養類所占比例比較大，微型動物的存活率也高。因此，在生物膜上形成的食物鏈要比活性污泥上的食物鏈長，所以在生物膜處理系統內產生的污泥量少于活性污泥處理系統，污泥產量低。生物膜法形成的優勢菌屬，非常有利于微生物新陳代謝功能的充分發揮和有機污染物的降解。

　　生物膜上脫落的污泥，含動物成分多，密度大；污泥顆粒大，沉降性能好，易于固液分離。生物膜反應器有較高生物量，一般不需要污泥回流。因而不需經常調節反應器內污泥量和剩余污泥排放量，易于運行、維護和管理。而活性污泥法中，常有污泥膨脹、固液分離難等問題，困擾著操作管理者。

　　但生物膜法比起活性污泥法也有不足之處，因為需要較多載體材料及結構支撐，投資常常超過活性污泥法。生物膜法出水常有細小懸浮物分散其中，水的澄清度降低，活性生物量較難控制，在運行方面靈活性較差。